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转账支票存根指的是转账支票开出之后所留下的底子，其内容与转账支票等相同，留存备查。转账支票是出票人签发的，委托办理支票存款业务的银行在见票时，无条件支付确定的金额给收款人或持票人的票据，转账支票只能用于转账。
转账支票的存根仅仅是一种凭证，主要有以下作用：查账；用来做会计凭证入账。转账支票不能提取现金，它适用于各单位之间的商品交易、劳务供应和其他经济往来的款项结算。
转账支票的办理流程：
1、出票：客户根据本单位的情况，签发转账支票，并加盖预留银行印鉴。
2、交付票据：出票客户将票据交给收款人（也可直接到开户银行办理付款手续）。
3、票据流通使用：收款人或持票人根据交易需要，将转账支票背书转让。
4、委托收款或提示付款：收款人或持票人持转账支票委托自己的开户银行收款或到出票人开户行提示付款。收款人提示付款时，应做成委托收款背书，在转账支票背面“背书人签章”处签章，注明委托收款字样。